No estoy seguro si me había sucedido antes. Hoy ocurrió, y ya no olvidaré la solución.

Filezilla tiene distintos modos de transferencia de archivos: automático (viene elegido por defecto), ASCII y Binario. La teoría dice que si el archivo es de texto, el tipo de trasferencia adecuado es ASCII, y si es imagen, zip, etc, Binario.

FIlezilla (y asumo que otros softwares también), por algún motivo que también desconozco, en una transferencia ASCII hace de las suyas, asumo que para optimizar la transferencia, o algo similar. Lo cierto es que a mí me quitó los saltos de línea, y en un archivo .php eso se traduce en errores de programación.

¿Solución? menú Transferencia / Tipo de transferencia / Binario. Eso sube tu archivo tal cual como lo tengas en tu compu al servidor.